नीट एग्जाम में कथित अनियमितताओं की जांच कर रही सीबीआई ने छह एफआईआर दर्ज की हैं. बिहार में दर्ज एफआईआर क्वेश्चन पेपर लीक होने से संबंधित है जबकि गुजरात, राजस्थान और महाराष्ट्र में दर्ज एफआईआर अभ्यर्थियों के स्थान पर परीक्षा देने और धोखाधड़ी से संबंधित हैं।सीबीआई ने पेपर लीक की जांच रिपोर्ट को सीलबंद लिफाफे में कोर्ट में दायर किया है. एनटीए ने पटना में किसी भी तरह की पेपर लीक की घटना को नकार दिया है. अभी तक पेपर लीक के सीधे आरोप पटना और झारखंड के सेंटर्स पर लगे थे, लेकिन एनटीए ने सुप्रीम कोर्ट में दायर अपने हलफनामे में इससे इनकार किया है।